یکی از عناصر پایه ای پیدایش نظام اسلامی در ایران ، و اصلی ترین شروط رهبری ، مقوله مرجعیت است . بر همین اساس ،و به استناد نامه ی مدرسین و طلاب قم و نجف ، هدف از سفر آیت الله خامنه‌ای به قم تایید مرجعیت او توسط چهره ها و روحانیون با نفوذ این شهر است .

مدرسین و طلاب قم و نجف ، پیش از سفر رهبری نظام به شهر قم ، با انتشار نامه‌ای سرگشاده در وبسایت «متقن» هشدار دادند که آیت الله خامنه‌ای در این سفر، جدا از تایید مرجعیت خود ، به دنبال اخذ اجازه اجتهاد برای فرزندش، مجتبی نیز هست . تا به این وسیله زمینه را برای جانشینی وی پس از مرگ خود فراهم کند . هر چند که وبسایت مدرسین و طلاب قم و نجف (متقن ) و همچنین وبسایت چگونه ایران را بسازیم ؟ ، دو روز پس از انتشار این نامه به طور ناگهانی هک شد و از کار افتاد . اما انعکاس این نامه به حدی بود که بحث اجتهاد وی را دوباره به چالش کشید .

البته بحث تایید مرجعیت تنها متوجه علی خامنه ای نبوده است و شیخ محمد یزدی، رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز اخیراَ در گفتگویی با هفته نامه پنجره با پرداختن به چگونگی اخذ عنوان مرجعیت از سوی آیت الله خمینی گفته بود :

یکی دیگر از کارهای بسیار مهم جامعه مدرسین در قبل از پیروزی انقلاب، اعلام مرجعیت حضرت امام بود. وقتی عوامل رژیم، امام را دستگیر کردند، ایشان عنوان مرجعیت نداشتند و بر‎اساس قانون اساسی مشروطه، مراجع دارای مصونیت بودند. برای همین جامعه مدرسین بلا فاصله با توجه به صلاحیت حضرت امام، در اطلاعیه‌ای اعلام کردند که امام خمینی جزو مراجع تقلید هستند و با این‎کار دست ساواک را برای هر‎گونه تعرض به جان امام بستند .

این سخنان رئیس پیشین قوه قضائیه، بلا فاصله با واکنش حسن شریعتمداری، فرزند آیت‌الله شریعتمداری رو برو شد . وی در گفتگو یی با دویچه وله، سخنان شیخ محمد یزدی را خلاف واقعیت دانسته و تصریح کرد :مدرسین حوزه‏ی علمیه‏ی قم آن‏موقع افراد شناخته شده‏ای نبودند و عده‏ای به اسم "مدرسین حوزه‏ی علمیه‏‏ی قم" با امضای مخفی اعلامیه‏هایی صادر می‏کردند که آقای یزدی هم جزو آنان بود. آقای یزدی آن روزها کسی نبود که چنین کاری را بکند .

حسن شریعتمداری در ادامه میافزاید :

شاه موقعی می‌خواست آقای خمینی را دادگاهی کند. گفته بود او را به دادگاه صحرایی تحویل می‏دهد و احتمال اعدام او یا محکوم شدن‏اش به حبس ابد می‏رفت .... پدر من در نامه‌ای ایشان را مرجع شناخت ....

مرحوم آیت‌الله شریعتمداری نیز پیش از مرگش در این باره گفته بود :

ما همان موقع به تهران آمدیم و در شاه عبدالعظیم تمام علمای شهرستان‌ها را جمع کردیم و از مرحوم آیت‌اللّه میلانی که در مشهد تشریف داشتند خواهش کردیم که به آنجا بیایند و چون در آن موقع راجع به آیت اللّه خمینی نظر محاکمه و شدّت عمل داشتند و حتّی روزنامه‌های آن موقع صحبت از اعدام می‌کردند، از آن نظر لازم دیدیم که پیشگیری بشود. حضور ما در تهران یکی دو ماه طول کشید و تا حدودی آن خیال باطل از بین رفت و یک اعلامیّه یازده مادّه‌ای صادر کردیم و تمام ادّعاهای دولت را رد کردیم .

آیت الله حسینعلی منتظری نیز در این باره می‌گوید:

من متن تلگرافی را (که تهیّه کرده بودم) خواندم که از آقای خمینی به عنوان آیت اللّه و مرجع عالیقدر تقلید نام برده بودم ، یکی از آقایان گفت: ایشان که مرجع تقلید نیست!، چه کسی از ایشان تقلید می‌کند؟، گفتم من از ایشان تقلید می‌کنم ، پس ایشان مرجع تقلید است .

به هر ترتیب آیت الله خمینی چه به دلایل سیاسی و چه صلاحیت فردی عنوان مرجعیت را به دست آورد و پس از آن نیز رساله ای برای مقلدین خود منتشر کرد . اما نکته جالب توجه صرف نظر از موضوع مرجعیت آیت الله خمینی ، عملکرد وی پس از رسیدن به قدرت ، در قبال کسانی است که عامل اصلی دستیابی وی به عنوان مرجعیت بوده و عملاَ ناجی جان وی نیز محسوب میشدند .

آیت‌الله شریعتمداری پس از انقلاب 1977 ایران، با اختیارات ولی فقیه ، در اصل ۱۱۰ قانون اساسی مخالفت کرد. وی مخالف اختیارات نامحدود ولی فقیه بود و به این اصل در قانون اساسی رای نداد . پس از دستگیری صادق قطب‌زاده به جرم تلاش برای کودتا و بمب‌گذاری در خانه روح‌الله خمینی، نام شریعتمداری به عنوان یکی از حمایت‌کنندگان وی مطرح شد که همین امر باعث خانه‌نشینی وی تا آخر عمر گشت .

حسینیهٔ شخصی و همچنین موسسه دارالتبلیغ اسلامی آیت الله شریعمداری به نفع جمهوری اسلامی مصادره شد و نام آن را بعد ها به دفتر تبلیغات اسلامی تغییر یافت . اما مهم تر از همه عنوان مرجعیت آیت الله شریعت مداری بود که توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مردود اعلام شد .

مرحوم آیت‌الله منتظری در خاطرات خود در این باره می نویسد:

بنا به شنیده‌ها از برخی منابع حکومتی، ماجرای کودتای منتسب شده به قطب زاده ساختگی بوده‌است .

آیت‌الله منتظری نیز به عنوان یکی از عوامل اصلی اخذ عنوان مرجعیت آیت الله خمینی و همچنین یکی از چهره های تاثیر گذار در نجات جان وی از اعدام به سرنوشتی مشابه آیت الله شریعت مداری دچار شد .

مهدی هاشمی، برادر داماد منتظری ، پیش از انقلاب به اتهام معاونت در قتل آیت‌الله شمس آبادی دستگیر و محکوم شده بود. وی ماجرای مک فارلین (معامله تسلیحاتی ایران با ایالات متحده آمریکا و اسرائیل ) را در روزنامه لبنانی الشراع فاش کرد. و پس از مدتی به بهانه قتل آیت‌الله شمس‌آبادی ، که یک بار در زمان شاه به این اتهام محاکمه و پس از انقلاب از زندان آزاد شده بود ، مجدداَ دستگیر و زندانی شد.

آیت االله منتظری ، مهدی هاشمی را بیگناه می‌دانست و به نشانه‌ٔ اعتراض درس‌های خود را تعطیل کرد . اما تلاش های او بی ثمر ماند و مهدی هاشمی به همراه چند نفر دیگر در سال 1366 محاکمه و اعدام شدند .

دامنه انتقادات آیت الله منتظری در حوزه های مختلف از جمله قتل عام زندانیان سیاسی در سال 1367 گسترش یافت و نهایتاً اعلام برکناری وی از قائم‌مقامی‏ ‏رهبری ، تحت عنوان استعفای وی ، در تاریخ ‏۱۳۶۸/۱/۸‏ منتشر شد .

اما در خصوص مرجعیت آیت الله خامنه ای بحث کاملا متفاوت است . منابع غیر وابسته به نهاد قدرت و یا منتقد و مخالف حکومت معتقدند که اخذ درجه آیت اللهی و مرجعیت و دست یابی وی به رهبری نظام اسلامی ، روالی غیر قانونی بوده که با اعمال نفوذ برخی چهره های سرشناس نظام صورت گرفته است .

برخی معتقدند که ایت الله خامنه ای با نفوذ آقای هاشمی رفسنجانی و تاييد احمد خمينی به قدرت رسید . یک شب پس از فوت آیت الله خمینی ، طبق طرح آقای هاشمی رفسنجانی شبانه اعضای مجلس خبرگان از سراسر کشور دعوت شدند . ساعت هفت صبح خبر فوت آيت الله خمينی اعلام و ساعت ۸ جلسه مجلس خبرگان برگزار شد .

در جلسه صبح با حضور اعضای مجلس شورای اسلامی وصيتنامه آیت الله خمینی خوانده و در جلسه بعد از ظهر که فقط اعضای خبرگان حضور داشتند ، موضوع تعيين رهبر جديد مطرح شد . آيت الله محمد رضا گلپايگانی از اعلم علما و مراجعی به شمار می‌رفت که اگر قرار بود طبق قانون اساسی يک مرجع تقليد به عنوان رهبری انتخاب شود شانس وی از همه بيشتر بود.

در آن زمان ظاهراَ عنوان آيت اللهی آقای خامنه ای مورد ترديد بود . و از دیگر سو طبق قانون اساسی رهبر میبایست مرجع تقليد باشد و انتخاب آقای خامنه‌ای که مرجع تقليد نبود خلاف قانون اساسی محسوب میشد . برای حل این مشکل چند ماه پس از انتخاب آیت الله خامنه ای به عنوان رهبری نظام ، تغییر اتی در قانون و موضوع مرجعیت صورت گرفت و رای گیری دومی نیز در خصوص آقای خامنه ای انجام شد که در این رای گیری نیز مجددا وی به عنوان رهبری نظام اسلامی انتخاب شد .

به گفته برخی از منابع در آن جلسه ابتدا بحث شورای رهبری مطرح شد و طرفداران زیادی نیز داشت اما آقای هاشمی رفسنجانی که چندان با رهبری آیت الله گلپایگانی موافق نبود ، وارد بحث شده و به احمد خمينی که در آن جلسه حاضر بوده اعلام کرد :

شما اگر اون مطلبتون را الان نمی‌خواهيد بگوييد ، پس کی می خواهيد بگوييد ؟

احمد خمينی نیز رو به حاضرین اعلام کرد که آیت الله خمینی نحوه گفتار آقای خامنه ای را در یکی از سفر های خارجی از طریق تلويزيون ديدند و گفتند ايشان برای رهبری مناسب هستند. بعد خود آقای هاشمی هم اين رو اضافه کرد که ما در زمان حيات امام در جلسه سران قوا به ايشان گفتيم بعد از شما رهبری چی می‌شود که ايشان گفتند نگران نباشيد . فرد مناسب هست و يکی همین آقای خامنه‌ای.

موضوع دخالت و تاثیر گذاری آیت الله هاشمی رفسنجانی در به قدرت رسیدن آیت الله خامنه ای تا به حال از منابع مختلفی مطرح شده و هیچگاه شخص هاشمی آن را تکذیب نکرده است .

به اعتقاد برخی از تحلیل گران ، هدف آیت الله هاشمی از به قدرت رساند آقای خامنه‌ای این بود که از آقای خامنه ای که تا آن زمان در مقام ریاست جمهوری کشور ، عنصری کم تاثیر و بی سر وصدا بود ، به عنوان مقامی تشریفاتی در جایگاه رهبری کشور استفاده کرده و ازشآن مرجعیت آقای منتظری نیز برای جبران مشروعیت شرعی بکار بگیرد و در نهایت خودش به عنوان اداره کننده واقعی کشور وارد شود . اما ظاهرا آیت الله خامنه‌ای بازی آقای هاشمی را ناتمام رها کرده و و بازی خودشون را در پیش گرفته است .

این روایت منابع غیر وابسته به نظام از به قدرت رسیدن آیت الله خامنه ای چندان به دور از واقعیت به نظر نمیرسد .

خبرگزاری برنا با انتشار گزارشی از همایش آب ، آیینه، آفتاب به بخش هایی از صحبت های آیت الله محمد مومن ، از چهره نزدیک به بیت رهبری اشاره میکند . که در آن این عضو شورای نگهبان چگونگی به قدرت رسیدن آیت الله خامنه ای را روایت میکند .

آیت الله مومن در صحبت های خود ضمن روایتی تقریباَ مشابه روایت قبلی ، موضوع تغییر در قانون اساسی را دستور آیت الله خمینی میداند و میگوید :

در اواخر عمر امام خمینی ایشان دستور رسیدگی و بررسی قانون اساسی را صادر کردند که [ جلسات مربوط به آن ] به ریاست رئیس جمهور وقت یعنی آیت الله خامنه ای تشکیل شد .

وی در در خصوص چگونگی انتخاب آیت الله خامنه ای به عنوان رهبری نظام میگوید :

امام در وضع عادی نبودند و روشن بود که ایشان عمرشان دیگر باقی نیست . با این وضع قرار شد اجلاسیه خبرگان در صبح چهاردهم برگزار شود که همان شب فرزند امام آمدند و اطلاع فوت امام را دادند . فردا صبح جلسه ی خبرگان تشکیل شد و قرار شد در آن جلسه نمایندگان مجلس ، وزرا و محترمین کشور نیز حضور داشته باشند . در ابتدای کار وصیت نامه ی امام توسط رهبر معظم انقلاب قرائت شد و در نوبت عصر جلسه به صورت کاملا اختصاصی برگزار شد و حتی خبرنگاران نیز در زمانی که دستور جلسه قرائت شد حضور نداشتند

آیت الله مومن در ادامه می افزاید : ابتدا بحث رای گیری رهبر آینده عنوان شد و موضوع از این قرار بود که چگونه رای گیری کنیم و آیا فرد به فرد رای بدهیم یا به گروه که در نهایت مقرر شد به فرد رای دهیم . برخی آقایان حاضر در جلسه نسبت به رهبری برخی مراجع قم نظر داشتند و در نهایت موضوع به اینجا رسید که آقای خامنه ای به عنوان رهبر مشخص شده و رای گیری صورت گیرد ، پس از اینکه آقای خامنه ای این بحث را شنید از جای خود برخاسته و بلند فریاد زدند نه نه و اجازه گرفتند تا سخن بگویند و هنگامی که پشت تریبون آمدند فقط می گفتند که بنده را به عنوان رهبر انتخاب نکرده و من در این جایگاه نیستم.

صحبت های بسیاری در این زمان بیان شد و در نهایت مقرر شد تا رای گیری انجام شود و رای گیری به صورت کتبی انجام شد که بیش از چهار پنجم حاضرین در جلسه به آیت الله خامنه ای رای دادند و ایشان با ذکر صلوات به عنوان رهبر از سوی مجلس خبرگان رهبری انتخاب شدند

آیت الله مومن با اشاره به برخی گفته ها مبنی بر اینکه رهبر باید مرجع باشد و انتخاب آیت الله خامنه ای از سوی خبرگان باطل است گفت :

این موضوع که آقای خامنه ای در آن زمان مرجع نبودند مسئله ای بود که شبهاتی را بوجود آورد اما با اقدامات انجام شده و حتی قانون هایی که پیش از این رای گیری صورت گرفته بود این شبهه هیچ جای مطرح شدن نداشت و حتی برای اینکه به تمامی شبهات پاسخی داده شود در مرداد ماه همان سال نیز دوباره رای گیری انجام شد که آیت الله خامنه ای در این زمان نیز با رای بالاتری نسبت به دوره ی قبل انتخاب شدند .

آیت الله منتظری که از اساتید آیت الله خامنه ای نیز بوده است در کتاب خاطراتش درباره چگونه مرجع شدن آیت الله خامنه ای با اشاره به فشارهای سپاه و نیروهای اطلاعاتی به مراجع تقلید و جمعی از جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نوشته:

پس از رحلت آیت الله اراكی برخی از مسئولین از تهران به منزل آقای حاج سید مهدی روحانی آمدند و اصرار داشته اند كه جامعه مدرسین آقای خامنه ای را به عنوان مرجع تقلید معرفی كنند، و از طرف دیگر جمع زیادی از طلاب جوان و بچه ها و گروههای فشار را در خیابان بیمارستان در كنار دفتر جامعه مدرسین جمع كردند و آنان با شعار و فشار از جامعه مدرسین همین امر را می‎خواستند؛ و چند نفر از جامعه مدرسین كه در تهران بودند به همین منظور فورا خودشان را به قم رساندند. با این همه مقدمات و برنامه ریزیها هفت نفر از جامعه [مدرسین] حاضر شدند ایشان را در عداد مراجع ذكر كنند و بر این اساس ایشان و شش نفر دیگر به عنوان مرجع معرفی و اعلام شد، در صورتی كه معمولا پس از رحلت هر مرجع از ناحیه علما و بزرگان یك نفر شاخص معرفی می‎شود تا مردم از تحیر خارج شوند .

وی در ادامه می افزاید :

بالاخره با این وضع غیر عادی و با فشاری كه ما در قم ناظر بودیم مرجعیت شیعه را فدای اغراض سیاسی كردند و ملت را به اشتباه انداختند. و پس از این اعمال، برخی از افراد سپاه و اطلاعات در بلاد مختلف به اهل علم و مبلغین فشار می‎آوردند كه باید ایشان را به عنوان مرجع معرفی كنید و از ایشان مساله بگویید و از بیان فتاوای جمعی از مراجع جلوگیری می‎كردند، و هر كس تخلف می‎كرد علیه او گزارش می‎دادند و او را گرفتار دادگاه ویژه می‎كردند

وبسایت پرسمان ، وابسته به نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه ها در پاسخ به این پرسش که آيا خامنه اي مرجع تقليد است مینویسد :

در قانون اساسي فعلي ،شرط مرجعيت براي رهبري وجود ندارد،لکن مرجع بودن رهبر يک امتياز مثبت است نه منفي،يعني رهبر لازم نيست مرجع تقليد باشدنه اينکه مرجعيت مانع رهبر شدن باشد.

مقام معظم رهبري يك فقيه و مجتهد عادل و جامع الشرايط مي باشد و لازم به ذكر است كه ايشان فقاهت و اجتهاد را در زمان تصدي مقام رهبري يا رياست جمهوري بدست نياورده بلكه قبل از انقلاب آن را كسب نموده اند.

وبسایت وابسته به نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه ها مدعی است که آیت الله خامنه ای فقاهت و اجتهاد حود را نه در زمان تصدي مقام رهبري يا رياست جمهوري ، بلكه قبل از انقلاب آن را كسب نموده اند . اما باز هم شیخ محمد یزدی یک روز قبل از سفر آیت الله خامنه ای به شهر قم ، در گفتگویی با وبسایت حوزه نیوز اعلام کرده که وی اولین کسی بوده که عنوان مرجع را به آیت‌الله خامنه‌ای داده است .

رئیس سابق قوه قضائیه در این باره میگوید :

طبعا علائم مسأله اجتهادی و‌علمی و مرجعیت، که متکی به مبانی تعیین شده است، ... علت این که پس از رحلت امام خمینی(ره) و رحلت بعضی از مراجع مطرح در قم، بنده مرجعیت را اعلام کردم، این نکته بود که بنده در طول این فاصله زمانی و جلساتی که از زمان ریاست جمهوری مقام معظم رهبری برگزار شد، به پایه علمی و قدرت استنباط و اجتهاد و در حقیقت بنیه اجتهادی و استدلالی ایشان و همچنین تسلط بر علوم مختلفی که باعث اجتهاد است، پی بردم و دیدم، در ردیف متخصصین قرار گرفته‌اند؛ به همین دلیل وظیفه شرعی خودم دیدم، که مرجعیت ایشان را اعلام کنم. فکر می کنم اولین کسی که مرجعیت مقام معظم رهبری را در رسانه‌های عمومی اعلام کرد، من بودم که این مهم را در خطبه‌های نماز جمعه تهران اعلام کردم .

این ادعای شیخ محمد یزدی مغایر با آن چیزی است که وبسایت وابسته به نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه ها میگوید ، اما واقعیت هرچه که باشد ، مرجعیت آیت الله خامنه ای در مواردی از سوی مراجع سرشناس رد شده است .

مرحوم آیت الله منتظری در خصوص مرجعیت آیت الله خامنه ای میگوید :

او مرجعیت را به ابتذال میکشاند

از جمله نامهایی که آیت الله خامنه ای را مرجع نامیدندند میتوان به آیت الله راستی کاشانی عضو جامعه مدرسين، مجلس خبرگان و شوراي استفتائات ایت الله خمینی ، آيت الله حاج سيدجعفر كريمي ، عضو جامعه مدرسين و شوراي استفتائات حضرت آیت الله خمینی و آيت الله اراكي ، آيت الله حاج شيخ مرتضي بني فضل( فوت شده ) مدرس حوزه علميه قم و عضو مجلس خبرگان رهبري ، آيت الله حاج شيخ محمدابراهيم جناتي از مدرسين بنام حوزه علميه قم ، آيت الله حاج شيخ ابوالفضل خوانساري عضو مجلس خبرگان رهبري و مدرس حوزه علميه قم ، آيت الله شيخ علي مشكيني ( فوت شده ) عضو جامعه مدرسين و رئيس مجلس خبرگان رهبري ، آيت الله حاج شيخ محمدفاضل لنكراني ( فوت شده) از مراجع تقليد ، آيت الله شيخ يوسف صانعي از مراجع تقليد ، آيت الله شيخ عبدالله جوادي آملي ، آيت الله شيخ محمد مؤمن میتوان اشاره کرد .

چهره ها و روحانیون عموما در سه دسته وابسته و حامی حکومت ، غیر سیاسی و بی طرف و در نهایت منتقد ومخالف حکومت میتوان دسته بندی کرد . در بین اسامی فوق به عنوان تایید کنندگان مرجعیت آیت الله خامنه ای ، عموماَ افرادی به چشم میخورند که یا دارای مناسب حکومتی هستند و یا مراجعی که دارفانی را وداع گفته و امکان ابراز نظر جدید ندارند . در بین این اسامی برخی حتی به صراحت موضع خود را نه تنها در قبال مرجعیت آیت الله خامنه ای بلکه در مورد صلاحیت های فردی وی نیز تغییر دادند . اما نکته جالب توجه در این رابطه این است که آیت الله خامنه ای نیز پای جای پای رهبر قبلی انقلاب اسلامی گذاشته و همان رفتاری را در پیش گرفته که آیت الله خمینی درپیش گرفته بود .

دو روز بعد از سخنرانی آیت الله منتظری در ۲۱ بهمن ۱۳۷۱ و اعتراض وی به جو ارعاب و خفقان آن روز ها ، عده‌ای در برابر بیت او تجمع کرده و با سنگ‌پرانی و شعار ایجاد اغتشاش نمودند .این افراد صبح روز بعد به محل‏ ‏درس وی حمله و عده‌ای از شاگردان او را مضروب و دستگیر‏ ‏کردند، همان شب جمعیتی حدود هزار نفر از نیروی نظامی با‏ ‏قطع برق و تلفن‌ها و با محاصرهٔ کامل منطقه با کندن درب‌ها به وسیلهٔ‏ ‏جرثقیل و شکستن شیشه‌ها به دفتر و حسینیهٔ وی حمله کرده و پس از‏ ‏این تهاجم آرشیو دفتر و اموال زیادی را به غارت بردند.

در سال ۱۳۷۳و ‏ ‏پس از سخنرانی تند سیدعلی خامنه‌ای که در آن سخنرانی آیت‌الله منتظری را منفور و خائن نام برده بود ، گروه های حامی رهبری به بیت آیت‌الله منتظری حمله کرده و فردای آن روز مورخه سوم دی ماه ۱۳۷۳ با یورش مجدد به محل درس وی ، اقدام به ‏ ‏شکستن تریبون و لوازم حسینیه و تهدید شاگردان کردند .

۲۳ آبان سال ۱۳۷۶ آیت الله منتظری به دلیل احساس‏ ‏خطر در رابطه با مسألهٔ مرجعیت شیعه و حکومتی شدن مرجعیت و‏ ‏دخالت ارگان‌های دولتی در آن ، طی سخنرانی راجع به استقلال کامل قوای سه‌گانه، مسئول بودن کلیهٔ افراد در برابر‏ ‏قانون و رد فراقانونی بودن رهبری و تأکید بر محدود بودن قدرت آن‏ ‏طبق قانون اساسی، آزادی عمل در انتخاب مرجعیت شیعه، و آزادی‏ ‏تشکل‌های حزبی و گروهی دیدگاه های خود را بیان کردند .

این بار مخالفین با‏ ‏قدرت‌نمایی و اعزام نیروهایی از سپاه، اطلاعات و بسیج ‏ ‏شهرستان‌های مختلف ضمن حمله به حسینیه و تخریب و اشغال آن، به‏ ‏منزل مسکونی و دفتر منتظری نیز یورش برده و با شکستن اثاثیه و پاره کردن اوراق و غارت مدارک خسارت زیادی وارد کردند . در حمله به منزل و محل‏ ‏سکونت وی، تعدادی از مسئولین سپاه پاسداران اصرار داشتند ‏منتظری را به بهانهٔ حفظ جان به مکان نامعلومی انتقال دهند که این اقدام آنان با مخالفت وی روبرو شد. حسینیه پس از چند روز تسلط و و مانور دادن اشغالگران ، به حکم دادگاه ویژهٔ روحانیت پلمب شد .

پس از چند روز در یورشی مجدد و باز بنا به‏ ‏حکم دادگاه ویژه روحانیت ( در زمان دادستانی آقای ری شهری ) ‏درب‌های ورودی به منزل منتظری مسدود و جوش داده شد و‏ ‏تنها درب ورودی به قسمت داخلی منزل او را باز ماند که این‏ ‏درب نیز به وسیلهٔ قراردادن کیوسک و گماردن نیروهای سپاه پاسداران‏ ‏در جلوی آن به طور شبانه‌روزی کنترل می‌شد و بیش از پنج سال ایشان‏ ‏جز با فرزندان و خواهر و برادران و نوه‌های خویش با شخص دیگری‏ ‏اجازهٔ ملاقات نداشت . این کیوسک مراقبت سپاه در تاریکی شب پنج‌شنبه ۱۰ بهمن ۱۳۸۱ برداشته شد اما وی همچنان از تداوم مزاحمت‌ها و شنود از سوی سپاه شکوه داشت .

آیت الله منتظری در واکنش حوادث پس از انتخابات دومین دوره ریاست جمهوری ایران از مسئولان خواست تا نسبت به اشتباهات انجام شده در رویدادهای اخیر ، از مردم عذرخواهی کنند . وی همچنین در ۲۹ خرداد ماه ۸۸ با انتشار بیانیه ای رسماَ حمایت قاطع خود را از مردم اعلام کرد .

آیت الله حسین‌علی منتظری ساعت ۱ بامداد روز یک‌شنبه ۲۹ آذر سال ۱۳۸۸ دارفانی را وداع گفت اما حتی پس از مرگش نیز همچنان از گزند دشمنانش در امان نماند . ۲۳ خرداد ۸۹ عده‌ای افراد ناشناس در قم به دفتر حسینعلی منتظری و یوسف صانعی دیگر مرجع تقلید منتقد حمله کردند و اموال این دفترها را تخریب کردند. احمد منتظری رئیس دفتر منتظری در بیانیه‌ای این حمله را در حضور نیروی انتظامی و با آگاهی آنان ولی بدون جلوگیری از حمله کنندگان دانسته و گفته است فردای آن روز با حکم دادگاه ویژهٔ روحانیت دفتر منتظری پلمب شد. سایت این دفتر نیز فیلتر شده است

آیت الله یوسف صانعی هم که پیش از این اعلام کرده بود آیت الله خامنه‏ ای، نه تنها مجتهد مسلم می‏باشد، بلکه فقیه جامع الشرایط واجب الاتباع می‏باشد ( درر الفوائد فى اجوبة القائد، ص 17 ) ، پس از انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری نظر خود را به صراحت تغییر داده و به جمع مخالفین وی پیوست .

وی نیز پس از علنی کردن مخالفتش ، به سرنوشتی مشابه مرحوم آیت الله منتظری دچار شد .

آیت الله صانعی یکی از مراجع تقلید شیعه در ایران است که به خاطر فتواها و نگرش نوگرایانه‌اش به ویژه در مسائل مربوط به حقوق زنان شهرت خاص دارد . وی از جمله مراجع حامی جنبش سبز به شمار می‌رفت که انتقادات تندی بر علیه دولت احمدی نژاد ابراز کرده و دفاترش در برخی شهرها مورد حمله هوادان دولت قرار گرفت .

در دی‌ماه ۱۳۸۸ جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با انتشار بیانیه ای اعلام کرد که آیت الله یوسف صانعی شایستگی تصدی مرجعیت ندارد . این بیانیه پیرامون صلاحیت مراجع تقلید در نوع خودبی سابقه به شمار می‌رفت. در اطلاعیه جامعه مدرسین آمده بود:

با توجه به پرسش‌های مکرّر مؤمنان، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم براساس تحقیقات به عمل آمده در یک سال گذشته و پس از جلسات متعدد به این نتیجه رسیده‌است که ایشان فاقد ملاک‌های لازم برای تصدّی مرجعیت می‌باشد.

به اعتقاد برخی ناظران دلیل این اقدام جامعه مدرسین انتقادهای صانعی از حکومت پس از انتخابات سال ۸۸ و جلوگیری از رجوع مقلدان آیت‌الله منتظری به وی بوده‌است. دفتر صانعی در اولین واکنش خواستار انتشار اسامی حاضران در جلسات مورد اشاره در نامه منسوب به جامعه مدرسین و روشن شدن سوابق علمی کسانی شد که به عدم صلاحیت آقای صانعی رأی داده‌اند.

به دنبال این وقایع مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم با انتشار بیانیه‌ای ضمن اظهار تعجب و تأسف از بیانیهٔ دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعلام کرد که موقعیت مرجعیت مثل مناصب حکومتی نیست که شخص، گروه، نهاد و تشکلی برای خود حقی در نصب و عزل آن قائل باشد. همچنین مجمع روحانیون مبارز با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که جای هیچگونه تردیدی در مرجعیت آیت‌الله صانعی نیست و این مرجعیت با بیانیه یک گروه مورد پذیرش مقلدان قرار نگرفته‌است که با بیانیه گروهی دیگر از اعتبار بیافتد .

در مرداد ۱۳۸۸ یوسف صانعی سخنانی را طی سخنرانی در گرگان با طرح حکایتی اعلام کرد :

یک آقایی … گفت ما یک آقایی داریم که مرتب امام زمان را می‌بیند … بیا ببرمت سراغ آن آقا که با آن آقا تماس داشته باش. … گفت باشه، این آدم زرنگی بود گفت بروم از خودش بپرسم بعد بیام برویم . آمد سراغ خود آن شخص. گفت شما امام زمان را می‌بینید گفت این حرفها چیه؟ کی من امام زمان را می‌بینم کی توجه داشتم به این حرفها، من کجا دیدم. گفت: ابداً محال است. برگشت، به آن مرید گفت … که تو گفتی امام زمان را می‌بیند من رفتم سراغ خودش گفت نه من امام زمان را نمی‌بینم، گفت: … امام زمان را می‌بیند از حرامزادگی‌اش دروغ می‌گوید .

سایت‌های طرفدار دولت مقصود کلمه «حرامزاده» را محمود احمدی‌نژاد ذکر کرده‌اند این درحالی است که دفتر یوسف صانعی اعلام کرده که اظهارات صانعی یک حکایت بوده و ربطی به فرد خاصی ندارد. در پی این سخنرانی دفتر حقوقی ریاست جمهوری شکایتی از یوسف صانعی تنظیم و تسلیم دادگاه ویژه روحانیت نمود .

در تاریخ ‎۱۳/۱۰/۱۳۸۸ دفتر یوسف صانعی در گرگان بنا بر تصویب شورای تامین استان گرگان و با حضور معاون دادستان و رئیس نیروی‌انتظامی گرگان تعطیل شد. بامداد روز ۲۴ خرداد ۱۳۸۹ دفتر صانعی در قم با حمله گروهی لباس شخصی مواجه شد و خسارات زیادی به آن وارد و بر روی دیوارهای محل، شعارهایی علیه وی نوشته شد. بهانه این حمله حضور مهدی کروبی رئیس مجلس سابق ایران در دفتر وی بود. تصاویری که وب‌گاه رسمی صانعی پس از این حادثه منتشر کرد نشان می‌داد که همه‌چیز حتی پنکه سقفی دفتر نیز نابود شده‌است .

سرکوب علنی چهره های برجسته حوزه تنها محدود به آقایان صانعی و منتظری نمیشد . ایت الله علی محمد دستغیب نیز یکی دیگر از روحانیون شناخته شده ای بود که به دلیل انتقاد از عملکرد حکومت تحت رهبری آیت الله خامنه ای مورد حمله های متعدد قرار گرفت . وی از سال ۱۳۶۰ تاکنون عضو مجلس خبرگان رهبری بوده و برادر او سید علی اصغر دستغیب دیگر نماینده مجلس خبرگان از استان فارس است. از جمله مسئولیت‌های او پس از انقلاب می‌توان به سرپرستی پادگان هوابرد شیراز ، ریاست دادگاه انقلاب استان فارس ، سرپرستی حزب جمهوری اسلامی در فارس ، نمایندگی سید ، روح‌الله خمینی در دانشگاه شیراز ، نمایندگی مجلس خبرگان رهبری از سال ۱۳۶۰ تاکنون اشاره کرد .

آیت الله دستغیب از سال ۱۳۵۹، مدرسهٔ علمیه ابوصالح‌ را در منزل شخصی خود راه اندازی کرده و از سال ۱۳۶۸ تاکنون به تدریس خارج فقه و اصول پرداخته‌ است . وی همچنین مدرسهٔ علمیّه مکتب الاخلاص‌ ، مدرسه علمیّه امام صادق ‌و مدرسه بیت‌الزهراء نیز تاسیس کرد .

وی همچنین با همکاری و کمک خیرخواهان، تعدادی از منازل اطراف مسجد قبا شیراز ( آشتی ها ) را خریداری کرده و گسترش بنای آن در چهار طبقه امکانات بیشتری را به منظور فعالیت های علمی و فرهنگی را فراهم کرد .

وی در اقدامی در خور توجه ، پس از انتخابات ریاست جمهوری سال پیش با صدور فتوایی اعلام کرد ، افرادی که به تجمّعات حمله و شرکت کنندگان را مورد ضرب و شتم قرار دهند مصداق محارب هستند . این اقدام وی به سرعت با عکس العمل حکومت مواجه شده چند روز بعد افراد لباس شخصی که از صبح امروز در مقابل مسجد قبای شیراز(مسجد آیت الله سید علی محمد دستغیب) تجمع کرده و علیه آیت الله ذستغیب، میرحسین موسوی ، مهدی کروبی و سید محمد خاتمی شعار میدادند، با پرتاب سنگ و آجر به سمت دیواره ها و شیشه های مسجد آسیب های فراوانی را به این مسجد وارد کردند .

شاگردان این روحانی بلند پایه با استقرار در مسجد سعی در دفاع از حریم این پایگاه معنوی سیاسی روحانی سرشناس شهر شیراز داشتند که درگیرهای متععدی نیز بین آنها و مهاجمین صورت گرفت . و پس از مدتی به درخواست نیروی انتظامی و به بهانه حفظ امنیت این مسجد تعطیل شد .

به اعتقاد ناظران با وجود چنین عملکردی در کارنامه رهبری آیت الله خامنه ای ، کسب تایید روحانیون و مراجع مستقل و تاثیر گذار و تامین مشروعیت شرعی ، مرجعیت و صلاحیت آیت الله خامنه ای در مقام رهبری و ولی امری شیعیان ، کاری مشکل به نظر میرسد .