عزل فرجی دانا خواست قلبی علی خامنه ای بود. دو ماه پيش وقتی خطاب به دانشگاهيان تاکيد کرد که دانشگاه نبايد به صحنه رقابت های سياسی تبديل شود، مقصود آن بود که بگذاريد بسيج دانشجويی يکه تاز عرصه دانشگاهها باشد. او در آن سخنرانی نشان داد که از وزير جديد ناراضی است. خامنه ای مخالف سرسخت احيای تشکل های دانشجويی و انجمن های اسلامی است. او رقابت يا مخالفت سازمان يافته آنان را با تشکل های بسيج دانشجويی برنمی تابد. در دانشگاههای کشور از دانشجو گرفته تا کادر آموزشی و روسای دانشگاهها بايد همدل و همسو با بسيج دانشجويی و يا دست کم مرعوب آن باشند چرا که فضای باز دانشگاهها و مراکز آموزشی کشور که بيش از چهار ميليون دانشجو را در برمی گيرد برای سلطه ديکتاتوری ولايت فقيه، سم است. فرجی دانا مجری منويات رهبری نبود و بايد عزل می شد.

پس از سخنان خامنه ای نمايندگان تندرو جبهه پايداری و روزنامه کيهان در راستای عملی کردن خواست رهبری فعاليتهای خود را شروع کردند. با اين همه هنوز اکثريت اعضای اصول گرای مجلس پيام رهبر را نگرفته بودند و هنوز حتی تا چند روز پيش هم معلوم نبود که نتيجه استيضاح چه خواهد شد. از همين رو بود که حداد عادل که همه می دانند بدون اذن بيت رهبری آب نمی خورد و نقشی جز طوطی رهبر ايفا نمی کند روز يکشنبه (سه روز پيش از استيضاح، با شرکت در اجلاس نوزدهمين دوره مبانی ارزش های اسلامی طرح "ولايت" اظهار کرد:

روزنامه کيهان نيز که يکی از بازوهای رسانه ای بيت رهبری است در دو ماه گذشته در ضرورت برکناری وزير علوم سنگ تمام گذاشت و بالاخره در شب استيضاح نه فقط با اطمينان، برکناری وی را پيش بينی کرد، بلکه آن را غيرکافی خواند و خواستار گام ديگری برای پاک سازی محيط دانشگاهها و سم زدايی از وزارت علوم شد. کيهان سه شنبه شب که البته تاريخ روز چهارشنبه دارد با اعلام خبر عزل وزير علوم نوشت: اين "پايان مسووليت مجلس نيست. چرا که آثار خيانت های يکسال گذشته در وزارت علوم صرفا با عزل عامل آن زدوده نمی شود و بايد با تدبير و حوصله از وزارت علوم و دانشگاه سم زدايی کرد."

نمايندگان مدافع استيضاح وزير علوم بدون آن که ذکری از رهبری و منويات او به ميان آورند، عين سخنان حداد عادل و کيهان را در صحن مجلس تکرار کردند. آنها کاملا حساب شده می خواستند مساله عزل را نتيجه عزم مجلس جلوه دهند و نه تصميم رهبری.

اما دولت روحانی در دفاع از وزير علوم بسيار ضعيف عمل کرد. روحانی ظاهرا برای جلب رای اعتماد نمايندگان و حفظ فرجی دانا با علی لاريجانی به توافق هايی رسيده بود. به اين ترتيب که نيلی منفرد و برخی از دستياران ديگر وزير علوم به ازای حمايت نمايندگان فراکسيون رهروان ولايت برکنار شوند. اما سمبه مخالفان قوی تر بود و البته علی لاريجانی نيز در نقش رئيس مجلس فرمايشی و رهبر فراکسيون پيروان ولايت دودوزه بازی کرد. عزل فرجی دانا البته نه فقط خدمتی به آرامش دانشگاههای کشور نمی کند، بلکه زمينه های تقابل بسيج و دانشجويان را تشديد می کند. مجلس اسلامی با عزل فرجی دانا سرسپردگی خود را به بيت رهبری و بيگانگی خود را با دانشگاهيان به نمايش گذاشت. مجلس با اين اقدام در انظار عمومی بی اعتبارتر شد.