امینی پس از پژوهشی چند ساله در اندیشه‌ها و آثار احمد کسروی، که به پیکار بی‌امان با خرافات دینی کمر همت بسته بود و سرانجام جان بر این هدف نهاد، به بازشناسی اهمیت جایگاه این تاریخ‌نگار و اندیشمند کم‌نظیر دست زد. او نخست در کتابی تحت عنوان «زندگی و زمانه احمد کسروی» کارنامه فرهنگی و اجتماعی این اندیشور جسور را معرفی کرد و آثار شخصی‌تر او را در ویرایشی شایسته و تازه با انبوه یادداشت‌ها و توضیح‌های سودمند منتشر کرد. با این کتاب امینی تاریخ‌نگاری که به دست خشک‌اندیشان کشته شده و کمابیش فراموش شده بود را بر تارک مجادله با کهنه‌اندیشان و سنت‌پرستان نشاند.

در ادامه این تلاش روشنگرانه او سه کتاب مهم نظری و مناقشه‌انگیز کسروی، با عناوین شیعی‌گری، صوفی‌گری و بهایی‌گری، را با ویرایشی شایسته و سامان‌مند انتشار داد و با ارائه نسخه‌هایی منقح و کامل، نسل جوان را با میراث فکری یکی از تابناک‌ترین چهره‌های روشنفکری ایران آشنا ساخت. شادروان امینی در سال‌های گذشته، با ره‌توشه‌ای از میراث چپ آمیخته به دلبستگی‌های ژرف ملی، به دفاع از دکتر محمد مصدق پرداخت و با نگاهی کاونده و امروزی بر جوانبی ناشناخته از زندگی و کار پیشوای نهضت ملی پرتو افکند.

در کتاب «سوداگری با تاریخ»، که در نقد مخالفان و معاندان دکتر مصدق نوشته شده، او با زبانی مؤثر و بیانی مستدل به دفاع از مهمترین بنیادهای فکری و عملی پیشوای نهضت ملی پرداخته و سربلندی او را در برابر حملات راست و چپ نشان داده است.

در کتاب اخیر، که باید آن را کارپایه رشته‌ای از سخنرانی‌ها و گفتگوها و جستارهای تاریخی محمد امینی دانست، او از مصدق به ویژه در برابر دو اتهام محوری دفاعی جانانه انجام داده است: با ارائه دهها سند و مدرک نشان می‌دهد که مصدق بر خلاف ادعای دشمنانش در برابر دربار صادق بود و به هیچوجه در دفاع از حکومت مشروطه سستی نشان نداد. مدعیان بر آن هستند که با دستاویز ساختن برخی از اقدامات مصدق در برابر شاه و مجلس، از زمامداری او مشروعیت‌زدایی کنند تا به کودتایی که به خلع او انجامید، جامه «قیام ملی» بپوشانند.

امینی از سوی دیگر به روشنی نشان داده است که بر خلاف دعوی مخالفان، از جمله شخص محمدرضا شاه پهلوی در کتاب «مأموریت برای وطنم»، مصدق همواره مدافع پیگیر و جسور آزادی‌های مصرحه در قانون اساسی بود و هرگز به موازین دموکراتیک پشت نکرد. پیروزی کودتایی که به سقوط او انجامید، از جمله به خاطر پای‌بندی مصدق به موازین حکمرانی دموکراتیک بود، که سر سوزنی از آن عدول نکرد.

مهشید امیرشاهی، نویسنده ایرانی، در اهمیت کتاب اخیر گفته است: «آقای امینی پژوهشگری است صاحب‌نظر، در کار دقت و وسواس دارد، بر موضوع مورد تحقیق چیره است، با تأمل و انصاف مسائل را بررسی می‌کند... پژوهشگر با استفاده از اسنادی که در دست دارد و عرضه روایت‌های گوناگون و گاه متناقضی که در طول زمان برای به کرسی نشاندن لجن‌پراکنی‌ها به بازار آمده است به جزئیات دروغ‌بافی‌های تاریخی می‌پردازد و با ظرافت پیچ و تاب کلاف درهمشان را باز می‌کند و در نهایت حقیقت را شسته و رفته مقابل چشم خواننده می‌نشاند.»

خانم امیرشاهی نتیجه می‌گیرد: «سوداگری با تاریخ از این پس مکمل بی چون و چرای همه تحقیقاتی خواهد شد که در آینده درباره این دوره از تاریخ ما و نقش و مقام محمد مصدق به عمل بیاید و از این رهگذر به گمان من آقای امینی تاریخ‌نگاران و پژوهشگران فردا را از هم امروز وامدار خویش ساخته است.» (نقل از تارنمای ایران‌لیبرال)       

می‌توان با اطمینان گفت که محمد امینی، به رغم عمر نه چندان بلند خود، از انجام وظیفه‌ای سنگین سربلند بیرون آمد.

محمد امینی، پژوهشگر ایرانی که نیمروز ۱۶ اکتبر (۲۴ مهرماه ۱۴۰۱) در آمریکا درگذشت، در سال‌های گذشته چونان پژوهشگری ژرف‌بین و بی‌باک در نقد تاریخ معاصر ایران، نامبردار شد؛ اما باید دانست که او این جایگاه را با زحمت و تلاش فراوان، به برکت مطالعاتی گسترده و از رهگذر تجربیاتی پرفراز و نشیب و گاه پرمرارت به دست آورد.

او فرزند نصرت‌الله امینی (زاده ۱۲۹۴ و درگذشته ۱۳۸۸) از یاران وفادار دکتر مصدق، پیشوای نهضت ملی ایران بود؛ اما او در جوانی که برای تحصیل به آمریکا رفت، نخست چند سالی با گروه‌های چپ افراطی (مائوئیستی) همکاری داشت، برق ایده‌های «طبقاتی» این جماعت را از دیدن کشش‌ها و دلبستگی‌های ملی باز داشته بود.

در آستانه انقلاب بهمن ۱۳۵۷ با همان شور جوانی و جوشش انقلابی به میهن برگشت و یک چند با فعالیت‌های تبلیغاتی برای پیشبرد ایده‌های چپ‌روانه تلاش کرد؛ اما، چنانکه خود به روشنی بیان کرده است، رفته رفته به این دیدگاه رسید که در جامعه‌ای مانند ایران که با ایستایی و رکودی تاریخی روبروست، نخست به کار فرهنگی گسترده برای زدودن غبارهای تیره از روی گذشته‌های نه چندان دور نیاز است.

عطا هودشتیان : محمد امینی نیز پر کشید.....
كاش مي ماند و اين روزها رو ميديد. حتما، او كه از ديار ديگري امده بود، شهامت اين نسل عصيانگر و انقلابي را باور نمي كرد. او كه ٤٣  و بيشنر، گفت و فراوان گفت، نوشت و فراوان نوشت  تا كار جهان ايراني  و تاريج ان به اينجا رسيد.  به اينجا كه ما ايستاده ايم. 
هي، ميشنوي: اكنون كودكان دبستاني پتك بر سر استيداد مي كوبند. ارزويت بر اورده شد!   چقدر زود پركشيدي مرد. مگر قرار نبود دستاورد انهمه نوشته و گفته عليه استبداد را ببيني؟ اكنون نوجوانان ان ارزو را بر انگشتان نهيف خود حمل ميكنند؟ اما، ايا تو خود كه ارزوي دمكراسي را ميداشتي از استبداد بري بودي؟