اتهام‌های این فعال اینترنتی «توهین به مقدسات، توهین به آیت‌الله خمینی، توهین به مقام رهبری، تبلیغ علیه نظام، اجتماع و تبانی و توهین به رئیس جمهور» عنوان شده است. محمد نصیری در تاریخ ۹۱/۳/۳ در منزل شخصی خود بازداشت و به بند ۲۰۹ وزارت اطلاعات منتقل شد. آقای نصیری ۳۰ روز از مدت بازداشت خود را در سلول‌های انفرادی بند ۲۰۹ و ۲۴۰ گذرانده است.

بنا به گزارش گزارشگران حقوق بشر، به نقل از یکی از نزدیکان محمد نصیری، ماموران وزارت اطلاعات ساعت ۳ بامداد سوم خرداد ۹۱ به منزل شخصی وی هجوم برده و با شکستن درب خانه وارد خانه وی شده‌اند. به هنگام بازداشت وی علاوه بر سلب امنیت و آرامش روانی خانواده این زندانی عقیدتی، وی را به همراه برادرش به شدت مورد ضرب و شتم قرار داده‌اند.

شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی پیرعباسی وی را در اتهامات «توهین به مقدسات، اجتماع و تبانی به قصد بر هم زدن امنیت کشور، توهین به آیت الله خمینی، توهین به مقام رهبری، تبلیع علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، توهین به رئیس جمهوری و نگهداری مشروبات الکلی» مجرم شناخته و به ۱۰ سال و ۶ ماه حبس تعزیری، ۳۷ ضربه شلاق و ۳۵۰ هزار تومان جریمه نقدی محکوم کرده است. این زندانی عقیدتی که در دوران بازجویی به شدت شکنجه جسمی و روحی شده است هم اکنون نزدیک به یک سال است که در بند ۳۵۰ زندان اوین نگهداری می‌شود.