پایگاه اطلاع‌رسانی خامنه‌ای روز چهارشنبه، ۱۱ تیر، سخنان او در جمع تعدادی از اساتید دانشگاه‌های ایران را بازتاب داده است که تاکید می‌کند نباید «آرامش دانشگاه‌ها» مختل شود که در غیر این صورت «حرکت علمی کشور متوقف خواهد شد».

به گفته او، «تبدیل دانشگاه‌ها به باشگاه‌های سیاسی سم مهلکی برای حرکت علمی کشور است و متاسفانه در دوره‌ای شاهد این پدیده زیان‌بار بودیم».

این گزارش اگرچه نمی‌گوید که منظور آقای خامنه‌ای کدام دوره خاص است، اما به نظر می رسد اشاره وی به دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی معروف به دوره اصلاحات باشد.

یکی از بزرگترین ناآرامی‌ها در دانشگاه‌های ایران در ۱۸ تیرماه ۱۳۷۸ رخ داد که با توقیف روزنامه اصلاح‌طلب «سلام» آغاز شد و به اعتراض دانشجویان و تقابل گروه‌های فشار با آنان انجامید، اعتراضاتی که در نهایت از دانشگاه هم فراتر رفت و به سطح پایتخت کشیده شد.

این گزارش در ادامه بیان می‌کند که آقای خامنه‌ای «نگرش، فهم و مشرب سیاسی در میان دانشجویان را تایید کرده» اما خاطرنشان ساخته که «این مسئله با تبدیل مراکز علمی به جولانگاه جریان‌های سیاسی تفاوت دارد» و  «مسئولان ذیربط و مدیران دانشگاه‌ها باید با جدیت از تبدیل مراکز علمی به محل جولان و فعالیت‌های جریان‌های سیاسی جلوگیری کنند».

وی همچنین «توقف حرکت علمی کشور» را از «نقشه‌های اصلی دشمنان نظام اسلامی» دانسته و گفته است: «برخی در خصوص استفاده از کلمه دشمن و تکرار آن، حساسیت دارند در حالی که در قرآن کریم نیز بارها کلمه‌های شیطان و ابلیس تکرار شده که پیام آن، غافل نشدن از شیطان و دشمن است. تکیه بر موضوع دشمن به معنای توجه نکردن به مشکلات و عیوب داخلی نیست اما غفلت از دشمن بیرونی، خطای راهبردی عظیمی است که ما را دچار خسارت می کند.»

در دوران هشت ساله ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد گزارش‌های بسیاری از اخراج دانشجویان یا بازنشستگی اجباری اساتید به اتهام فعالیت‌های سیاسی منتشر شد.

یکی از شرط‌های نمایندگان محافظه‌کار مجلس برای رای اعتماد به وزرای پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم نیز اعلام برائت آنها از معترضان سال ۱۳۸۸ بود. اما در هفته‌های اخیر انتقاد برخی از این نمایندگان از رضا فرجی‌دانا، وزیر علوم افزایش یافته است چنان که او را متهم می‌کنند با عزل و نصب‌های خود در وزارت علوم، راه را برای معترضان سال ۱۳۸۸ باز کرده است.

در همین رابطه محمود نبویان، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، روز چهارشنبه به خبرگزاری فارس گفت که آیت‌الله خامنه‌ای چندی پیش در جمع اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی آقای فرجی دانا را به‌ طور مستقیم مورد خطاب قرار داده و به او گفته است که «مانع برهم خوردن جو آرام محیط‌های دانشگاهی شود».

به گفته آقای نبویان، وزیر علوم «برخی عناصر فتنه را در مسئولیت‌هایی مستقر کرده‌است»، از جمله «وزیر پیشنهادی قبلی که رای نیاورده بود و وزیر دیگر که در اغتشاشات سخنرانی کرده بود».

اشاره آقای نبویان به جعفر میلی‌منفرد و جعفر توفیقی است که به سمت معاون آموزشی وزارت علوم و مشاور عالی وزیر علوم منصوب شده‌اند.

مجلس ایران هم‌اکنون طرح استیضاح وزیر علوم را در دست بررسی دارد.