بعد از مصاحبه های جنجالی یزدی علیه هاشمی، هاشمی رفسنجانی دیروز یزدی را تهدید به افشاگری و نوشتن نامه ای سرگشاده و گوشزد! کردن مسائلی از گذشته کرد. در پی این تهدید کم سابقه از طرف هاشمی، خاتمی! امام جمعه موقت تهران از طرف یزدی با هاشمی تماس گرفته، ضمن عذرخواهی و بیان عدم تکرار مصاحبه ها، از هاشمی درخواست نموده نامه منتشر نشود. هاشمی جواب مشخصی به این درخواست نداده است

درخواست احمد خاتمی از هاشمی رفسنجانی: آیت الله یزدی قبول دارد اشتباه کرده، چیزی علیه او منتشر نکنید .

سیداحمد خاتمی تلاش برای منصزف کردن هاشمی رفسنجانی از انتشار اطلاعات ناگفته در مورد آیت الله محمد یزدی را آغاز کرد. سفیر نیوز نوشت:بعد از ادامه یافتن و اوج گرفتن سخنان تند آیت‌الله محمد یزدی علیه هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام که تا پیش از این جوابی جز سلام و آرزو برای بازیابی سلامت یزدی نداده بود، گفت که به صورت مکتوب در مورد برخی مسائل رئیس جامعه مدرسین در زمان امام، انتخاب رهبری و قوه قضائیه توضیحاتی خواهد داد. بعد از انتشار این سخنان رئیس مجلس خبرگان رهبری، سید احمد خاتمی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که رابطه نزدیکی با محمد یزدی دارد با آیت‌الله هاشمی رفسنجانی برای عدم انتشار این نامه رایزنی کرده است. خاتمی در این تماس به رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفته است که مطالبی که آقای یزدی مطرح کرده است، مطالب صحیح و درستی نبوده و این کار اشتباه بوده است. او افزوده است که با توجه به این‌که آقای یزدی هم اشتباه خود را پذیرفته است و تاکید کرده است که دیگر این موارد را تکرار نمی‌کند و همچنین با توجه به فرمایشات اخیر مقام معظم رهبری و اینکه در آستانه دهه فجر هستیم از شما می‌خواهیم که این نامه را منتشر نکنید. آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز در پاسخ به احمد خاتمی گفته است که او این نامه را نوشته و آماده انتشار است و این نامه نه برای مسائل شخصی که برای مصحلت نظام نوشته شده است. رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام به احمد خاتمی نگفت که این نامه را قطعا منتشر می‌کند یا نمی‌کند.