جنبش فدرال دمکرات آذربایجان در تاریخ اول اکتبر ۲۰۱۶ برابر با دهم مهرماه ۱۳۹۵ طی بیانیه ای در رسانه های عمومی خروج خود را ازائتلاف "کنگره ملیت های ایران فدرال" اعلام کرد. کنگره ملیت ها بيان نکاتی را در این رابطه ضروری می داند:

١-نمايندگان جنبش فدرال دموکرات آذربايجان در طی چند سال اخير حتی یک بار هم در جلسات پی در پی حضوری و مجازی "کنگره مليتهای ايران فدرال" نه تنها شرکت نکرده اند، بلکه هیچگونه انتقاد یا پیشنهادی چه به صورت کتبی وچه بصورت شفاهی درخطاب به کنگره ملیت های ایران فدرال ویا تشکلات عضو آن،  نسبت به موارد مطروحه در بیانیه جدایی شان، عنوان نکرده اند. 

٢- موارد مطرح شده عليه "کنگره مليتها" توسط جنبش فدرال دموکرات آذربايجان دربیانیه جدایی شان  ، برای اولين بار پس از انتشار در رسانه های عمومی، با روشی غير متعارف و بدور از پرنسيب های شناخته شده جريانات سياسی مسئول ، به رؤيت اعضای کنگره ملیت های ایران فدرال رسیده اند۔

٣-کنگره ملیت های ایران فدرال در منشور بنيادين خود، که جنبش فدرال دمکرات آذربایجان پس از پذیرفتن آن منشوربه عضويت کنگره مليتها در آمده بود، با صراحت بيان داشته است که : "کنگره ضمن تاکید بر روش های صلح آمیز مبارزه، از همه شیوه های دیگر مبارزاتی که در انطباق با پرنسیپ های منشور جهانی حقوق بشر سازمان ملل متحد باشند، برای برکناری جمهوری اسلامی ایران و رسیدن به اهداف انسانی و دمکراتیک خود استفاده خواهد کرد۔" 

حضور در یک ائتلاف به معنی انطباق کامل سیاست های تمام شرکت کنندگان آن ائتلاف نیست، بلکه همگرایی بر اساس اشتراکات می باشد و اینکه تغییر تاکتیک مبارزه از سوی عضو و يا اعضايی از کنگره مليت ها موجب جدایی این دوستان از کنگره شده است، به دور از عرف سیاسی می باشد.

کنگره ملیت های ایران فدرال با حضوری مستمر در طی  بيش از يک دهه فعاليت سياسی،  به عنوان یکی از گسترده ترين و باسابقه ترین ائتلاف ها در سطح اپوزیسیون دموکرات ایران، همواره از هر گونه انتقاد و بحث در رابطه با شیوه های مبارزاتی خود استقبال کرده است و خواهد کرد۔

در پایان اعضای کنگره مليتهای ايران فدرال،  ضمن ابراز تأسّف از جدايی جنبش فدرال دمکرات آذربایجان، برای آنها در ادامه مبارزات شان  که در راستای اهداف استراتژيک مشترکمان ميباشد، آرزوی موفقیت دارند. 

کنگره ملیت های ایران فدرال

١٢ اكتبر ٢٠١٦