دادستان نظامی سیستان و بلوچستان، استان همجوار با آب‌هایی که شلیک موشک به ناوچه کنارک در آن رخ داده است، دو روز بعد از این سانحه تاکید کرد که باید «تا بررسی دقیق تیم‌های کارشناسی حاضر در محل حادثه از هرگونه گمانه‌زنی درباره حادثه کنارک پرهیز شود.» منع گمانه‌زنی درباره سانحه ناوچه کنارک از سوی این مقام سازمان قضایی نیروهای مسلح همزمان با انتشار پیام تسلیت رهبر جمهوری اسلامی اعلام شد، پیامی که علی خامنه‌ای در آن خطاب به فرمانده کل ارتش نوشت که خواهان «روشن شدن ابعاد حادثه، شناسایی مقصران احتمالی و تدابیر لازم برای عدم تکرار چنین پیشامد‌هایی» است.

این درحالی است که با گذشت سه روز پس از گزارش منابع غیررسمی مبنی بر«شلیک اشتباهی ناو جماران متعلق به ارتش به ناوچه کنارک حین تمرین نظامی» و کشته و مجروح شدن شماری از پرسنل این ناوچه، هنوز توضیحی رسمی درباره چگونگی این رخ داد از مقام‌های رسمی ارائه نشده است.

درحالی که پیشتر گفته شده بود که ناوچه کنارک در جریان یک تمرین نظامی مسئول انتقال هدف بوده و چون به اندازه کافی از هدف دور نشده مورد اصابت موشک شلیک شده از سوی ناو جماران قرار گرفته است، وب‌سایت رسمی ارتش جمهوری اسلامی ایران با انتشار ویدیویی، «نقص فنی موشک یا جنگ الکترونیک» را دو عامل احتمالی اصابت موشک به ناوچه کنارک عنوان کرد.

محمدرضا حیدری افشار دادستان نظامی استان سیستان و بلوچستان، اما برخی خبرها درباره چگونگی اصابت موشک به ناوچه کنارک را «شایعه» خواند، سانحه‌ای که بنابر اطلاعیه رسمی نیروی دریایی ارتش به کشته شدن دست‌کم ۱۹ نفر از پرسنل این ناوچه و مجروح شدن ۱۵ نفر دیگر منجر شد. او از این سانحه به عنوان «ضایعه‌ای جبران‌نشدنی، سخت و جان‌فرسا» نام برد و تاکید کرد که «تا بررسی دقیق تیم‌های کارشناسی حاضر در محل، از هرگونه گمانه‌زنی در این خصوص پرهیز شود.»

رهبر جمهوری اسلامی در پیامی که دو روز بعد از سانحه ناوچه کنارک منتشر کرد، ضمن ابراز تسلیت به عبدالرحیم موسوی، فرمانده کل ارتش و خانواده‌های پرسنل کشته شده نیروی دریایی، گفت که « حادثه‌ دردناک شناور کنارک» برای من «بسیار تلخ و تاسف‌آور» است.

علی خامنه‌ای در پیام خود تاکید کرد که «از مسئولان ذی‌ربط می‌خواهم که ابعاد این حادثه را به درستی روشن کرده، ضمن شناسایی مقصران احتمالی، تدابیر لازم برای عدم تکرار چنین پیشامد‌های خسارت‌بار و تلخ را اتخاذ کنند.»

همزمان عبدالرحیم موسوی، فرمانده کل ارتش، عصر سه‌شنبه در حاشیه مراسم استقبال از پیکر کشته‌شدگان ناوچه کنارک که در پایگاه یکم شکاری برگزار شد، گفت: «از نخستین لحظاتی که این اتفاق افتاد کار‌هایی که باید انجام می‌شد، انجام شد.»

فرمانده ارتش درباره جزییات این «کارها» سخنی نگفت اما اعلام کرد که درحال حاضر «چهار گروه کارشناسی از ستاد کل، وزارت دفاع، ارتش و نیروی دریایی» در حال بررسی اتفاقی هستند که برای «شناور کنارک» افتاده است.

با این حال فرمانده کل ارتش به طور ضمنی بررسی و تحقیق درباره چگونگی سانحه رخ داده برای ناوچه کنارک را زمان‌بر عنوان کرد و گفت: «معمولا در این گونه حوادث کار خیلی پیچیده است و اینکه معلوم شود چه بخشی مربوط به فناوری و چه بخشی مربوط به نیروی انسانی است، کار بسیار دقیقی را می‌طلبد.»

درحالی که مراسم تشییع پیکر ۱۹  تن از پرسنل ناوچه کنارک روز سه‌شنبه در بندر کنارک سیستان و بلوچستان برگزار شد، پیکر ۱۸ نفر از آنها عصر سه‌شنبه به تهران منتقل شد و فرمانده ارتش دلیل این انتقال را انجام آزمایش دی‌ان‌ای برای شناسایی نیروهای کشته شده عنوان کرد. موسوی در این باره گفت: «یکی از کار‌های دیگری که باید انجام شود گرفتن آزمایش دی‌ان‌ای است تا بخش‌هایی که مشخص نیست برای کدام شهید است، شناسایی شود و پیش‌بینی‌های لازم با پزشکی قانونی انجام شده تا از همین الان کار خود را انجام دهند.»

با آنکه در گزارش‌های اولیه، منابع مختلف علاوه بر کشته‌ها و مجروح شده‌ها، از مفقود شدن شماری از پرسنل این ناوچه نیز گزارش داده بودند اما فرمانده کل ارتش روز سه‌شنبه بیست و سوم اردیبهشت ماه، مجموع نیروهایی که در جریان اصابت موشک به ناوچه کنارک جان‌باخته یا مجروح شدند را ۳۴ نفر  شامل ۱۹ نیروی کشته شده و ۱۵ نفر مجروح عنوان کرد و البته گفت که پیکر تعدادی از پرسنل کشته شده این ناوچه را «دیشب [دوشنبه شب] آخر وقت از شناور خارج کردند.»

یک روز بعد از سانحه ناوچه کنارک، یعنی روز دوشنبه بیست و دوم اردیبهشت ماه، نیز حسین خانزادی، فرمانده نیروی دریایی ارتش، گفته بود که «با بسیج کلیه امکانات و منابع انسانی و فنی رسیدگی به ابعاد حادثه و تجسس و نجات مصدومین با جدیت ادامه دارد.»