بر اساس این روایت، «فخری‌زاده به تصور اینکه صدا ناشی از برخورد با مانع خارجی یا اشکال در موتور خودرو بوده از ماشین پیاده می‌شود. در همین لحظه از خودرو نیسانی که در فاصله ۱۵۰ متری ماشین او متوقف بوده، از یک دستگاه تیربار اتوماتیک کنترل از راه دور، شلیک‌های متعددی به سمت شهید صورت می‌گیرد».

خبرگزاری فارس می‌گوید که «دو گلوله به پهلو و یک گلوله به پشت فخری‌زاده برخورد می‌کند که منجر به قطع نخاع وی می‌گردد» و در این فاصله «سرتیم حفاظت بدن خود را حائل پیکر» فخری‌زاده می‌کند «و چند تیر نیز به بدن وی اصابت می‌کند. لحظاتی بعد همان نیسان متوقف شده نیز منفجر می‌شود».

بر اساس این گزارش، در بررسی هویت مالک خودروی نیسان مشخص شده که او «روز ۸ آبان از کشور خارج شده است».

خبرگزاری فارس افزوده که کل این عملیات «سه دقیقه» طول کشیده و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته و تیراندازی‌ها تنها توسط سلاح خودکار انجام شده است».

روایت جدید این خبرگزاری نزدیک به سپاه در حالی است که رسانه‌های حکومتی از جمله خبرگزاری فارس در ساعات اولیه این حادثه گزارش داده بودند که در جریان تبادل تیراندازی بین محافظان و عوامل عملیات، «سه یا چهار نفر از تروریست‌ها» کشته شدند.

آن‌ها همچنین از «زخمی شدن چند نفر از نزدیکان» فخری‌زاده خبر داده بودند ولی در گزارش روز یکشنبه خبرگزاری فارس اشاره شده که فقط محافظ این دانشمند هسته‌ای جمهوری اسلامی «مجروح شده است». با این حال گزارش‌های ضدونقیضی درباره وضعیت سلامتی او منتشر شده است.

محسن فخری‌زاده، معاون وزیر دفاع و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری‌های وزارت دفاع ایران بود. رسانه‌های ایران مدعی هستند که او به مدت سه دهه در فهرست ترور سازمان جاسوسی اسرائیل، موساد، بوده است.