آقای ملکی در سال‌های گذشته بارها بازداشت و برای سال‌ها ممنوع‌الخروج شده بود.

محمد ملکی اولین رئیس دانشگاه تهران بعد از انقلاب بود که با انقلاب فرهنگی و بسته شدن دانشگاه ها، از این سمت برکنار شد.

او از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۵ در زندان بود و بعدها یک بار دیگر نیز در سال ۱۳۷۹ به همراه تعدادی از فعالان ملی - مذهبی دستگیر شد و مدتی را در زندان گذراند.

آقای ملکی مجددا در مرداد ۱۳۸۸ بازداشت شد. او پیش از انتخابات دوره دهم ریاست جمهوری ایران در نوشته ای اعلام کرده بود به دلیل سوابق کاندیداها و ساختار سیاسی ایران، در انتخابات شرکت نخواهد کرد.

آقای ملکی همچنین یکی از ۱۴ امضاکننده نامه درخواست استعفا رهبر ایران و گذر از جمهوری اسلامی بود.