دو ماه پس از مفقود شدن دانیال یزدانی، مدیر یک شرکت دانش‌بنیان، سرانجام «افسر یکی از ارگان‌های نظامی» که به عنوان مظنون بازداشت شده بود، پذیرفت که او را به ویلای خود برده و پس از آنکه با «شلیک اتفاقی از اسلحه‌ سازمانی‌» یزدانی را کشته، جسدش را مثله کرده و در بیابان‌های جاده قم انداخته است.

نام و مشخصات عامل قتل دانیال یزدانی هنوز اعلام نشده است اما روزنامه همشهری طی گزارشی در شماره دوشنبه بیست و دوم دی ماه خبر داد که این متهم «افسر یک ارگان نظامی» است.

خبر مفقود شدن دانیال یزدانی، ۳۷ ساله، از اواسط آبان ماه در شبکه‌های اجتماعی از جمله توییتر توسط شماری از دوستان او از جمله چند نفر از فعالان اجتماعی و روزنامه‌نگاران منتشر شد.

در گزارش روزنامه همشهری تاریخ دقیق مفقود شدن او ۱۹ آبان ماه اعلام شده و آمده که پس از آنکه دانیال یزدانی به طرز مرموزی مفقود شد، برادرش ضمن مراجعه دادسرای جنایی شد، گفت که دانیال آخرین بار قرار بوده با یکی از دوستان جدیدش به نام منصور به دماوند بروند اما دیگر خبری از او نشده است.

پس از معرفی این افسر از سوی خانواده دانیال یزدانی ماموران آگاهی تهران به سراغ او رفتند و «منصور که افسر یکی از ارگان‌های نظامی است مدعی شد که اطلاعی از سرنوشت دانیال ندارد و به همراه دانیال به ویلایم در دماوند رفتیم. شب را آنجا ماندیم و روز بعد به تهران بازگشتیم. او در خیابانی حوالی مرکز تهران از اتومبیلم پیاده شد. من هم به محل کارم رفتم و دیگر او را ندیدم.»

بنابراین گزارش، این افسر متهم به قتل به دلیل آنچه «نبود مدارک» عنوان شد آزاد شد اما پس از اصرار خانواده دانیال مبنی براینکه او حقیقت را کتمان می‌کند و حتما از سرنوشت پسرشان خبر دارد، او به عنوان «مظنون» پرونده بار دیگر به اداره آگاهی احضار شد و این بار ماموران متوجه حرف‌های ضد‌و نقیض او شدند.

به نوشته همشهری، منصور سرانجام قتل دانیال یزدانی را پذیرفت با بیان اینکه با دانیال یزدانی در شهریور ماه و زمانی آشنا شده که «او به محل کارش آمده بود» و به ماموران آگاهی گفت که «من در یکی از ارگان‌های نظامی کار می‌کنم. به همین دلیل مجوز حمل سلاح دارم روز ۱۹آبان‌ ماه به همراه دانیال در ویلا بودم که اسلحه‌ام را برداشتم تا آن را تمیز کنم اما نمی‌دانم چه شد که ناگهان گلوله‌ای شلیک شد و از بخت بدم به دانیال خورد. او خون آلود روی زمین افتاد و وقتی بالای سرش رفتم متوجه شدم که فوت شده است.»

این افسر گفته است که پس از کشته شدن دانیال یزدانی «خیلی ترسیده بودم. مرگ او کاملا اتفاقی و یک حادثه بود. از ترسم تصمیم گرفتم جسد را به بیرون از ویلا منتقل کنم. سعی کردم آن را به سمت ماشین ببرم اما خیلی سنگین بود و زورم نمی‌رسید. به همین دلیل فکری به سرم زد و جسد دانیال را مثله کردم و داخل نایلونی گذاشتم.»

عامل قتل دانیال یزدانی افزوده که «شب را در ویلا ماندم و صبح درحالی‌که جسد مثله شده دانیال در صندوق عقب ماشینم بود، به سمت تهران حرکت کردم. یک راست به محل کارم رفتم، اسلحه را تحویل دادم و برای انجام ماموریت کاری به سمت جاده قم رفتم. جسد مثله شده را در بیابان‌های جاده قم انداختم و چون می‌ترسیدم گیر بیفتم به کسی چیزی نگفتم.»

برادر دانیال یزدانی به روزنامه همشهری گفته است که «برادرم به‌تازگی یک شرکت تاسیس کرده بود. کارش تجاری‌سازی شرکت‌های دانش‌بنیان بود. مدت‌ها بود که برای تاسیس شرکت تلاش کرده و زحمت کشیده و تازه چند ماهی بود که موفق به راه‌اندازی شرکت شده بود. او  مجرد و لیسانسه بود.»

او گفت که دانیال شهریور‌ماه با متهم آشنا شده بود و آن‌طور که من متوجه شدم برای پیگیری ماجرایی به محل کار متهم یک [نهاد نظامی] رفته بود که با یکدیگر آشنا شدند  و هیچ خصومتی با یکدیگر نداشتند.

برادر دانیال یزدانی با اشاره به اینکه جستجوی ماموران آگاهی تاکنون برای یافتن بقایای جسد مثله شده برادرش بی‌نتیجه مانده است، گفت: «حتی جسد او هم پیدا نشده است. اگرچه متهم اعتراف کرده که مرگ او یک حادثه بوده است اما من احتمال می‌دهم که حقیقت را کتمان می‌کند و اگر حادثه بوده چرا پس از آن تصمیم گرفته پیکر برادرم را مثله کند.»