محمود علوی در گفت‌و‌گوی تلویزیونی در واکنش به انتقادها از ضعف وزارت اطلاعات در محافظت از فخری‌زاده گفت: «از دو ماه قبل برنامه‌ریزی برای ترور فخری‌زاده را هشدار دادیم و از پنج روز قبل محل آن را هم شناسایی کرده بودیم.» او در ادامه با اشاره به اینکه فخری‌زاده عضو نیروهای مسلح بوده است، گفت:‌ «عامل تدارک ترور هم عضو نیروهای مسلح بود و ما نمی‌توانستیم به حوزه عملیاتی نیروهای مسلح ورود کنیم و از آنها خواستیم که نماینده‌ای معرفی کنند که روی این موضوع کار کنیم که متاسفانه این اتفاق (کشته شدن فخری‌زاده) افتاد.»

علوی در این مصاحبه اطلاعات بیشتری از «عامل تدارک ترور در نیروهای مسلح» ارایه نکرد، اما پیش‌تر هم موضوع نفوذ و رخنه امنیتی در پرونده پر از ابهام و پرسش فخری‌زاده مطرح شده بود. 

پس از کشته شدن فخری‌زاده در هفتم آذرماه، روایت‌های متعدد و متناقضی از ماجرا منتشر شد. تضاد در این روایت‌ها به اندازه‌ای بود که گزارش‌های اولیه از درگیری مسلحانه در محل سخن می‌گفتند و گروه دیگری از ماهواره و هوش مصنوعی و رگبار خودکار و اینکه در محل «هیچ عامل انسانی» حضور نداشته است. در این بین نقش محافظان فخری‌زاده نیز پنهان مانده است.

وزارت اطلاعات دو روز پس از کشته شدن فخری‌زاده در بیانیه‌ای اعلام کرد که به سرنخ‌هایی در یافته و به زودی گزارشی در این زمینه منتشر می‌کند که البته تا امروز منتشر نشده است.

اخیرا مجتبی ذوالنوری، رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس شورای اسلامی به خیانت و نفوذ در پرونده فخری‌زاده اشاره کرده بود و در نهایت «عامل اصلی را اسرائیل معرفی کرده بود.»

نفوذ امنیتی اسرائیل موضوعی است که پیش از این نیز برخی مقامات به آن اشاره کرده بودند. انفجار تیرماه در نطنز که هنوز وزارت اطلاعات دلیل آن را اعلام نکرده نیز به نفوذ و رخنه امنیتی اسرائیل ارتباط داده شده است.

هرچند اسرائیل این اتهام‌ها را تایید را تکذیب نمی‌کند، آرشیو به سرقت رفته هسته‌ای ایران از ساختمانی در جنوب تهران که هم اکنون در اسرائیل است، نمونه روشنی از میزان نفوذ اسرائیل در لایه‌های مختلف امنیتی در ایران است.