مجتبی خامنه‌ای در سال ۱۳۷۸ با زهرا دومین دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرد که ثمره این ازدواج دو فرزند پسر به نام محمدباقر و محمد امین و یک دختر کوچکتر است.

در خصوص نحوه تولد محمدباقر اظهارنظرهای مختلفی مطرح شده‌است. بر اساس اسناد منتشر شده ویکی لیکس، بخاطر اختلالات ناباروری مجتبی خامنه‌ای و همسرش، آنان در ۳ سفر مدت‌دار به لندن در بیمارستان‌های «ولینگتن» و «کرامول» تحت‌درمان قرارگرفتند و در سفر چهارم، پس از دو ماه اقامت در لندن همسرش حامله شد. در این سفرها مادرهمسر و تعداد زیادی همراه و محافظ و سعید امامی معاون امنیتی وزارت اطلاعات آنان را همراهی می‌کردند. بی‌بی‌سی این پسر را متولد لندن می‌داند و عنوان کرده در زمان به دنیا آمدن وی، یک بیمارستان در کرایه خانواده خامنه‌ای قرار داشته‌است که هزینه این کرایه بالغ بر ۱ میلیون پوند می‌باشد. غلامعلی حداد عادل، پدر همسر مجتبی خامنه‌ای این ادعا را رد کرده‌است و عنوان کرده فرزند مجتبی در بیمارستانی در تهران به دنیا آمده و پزشک زهرا حداد عادل نیز مرضیه وحید دستجردی بوده‌است. به گفته حداد عادل اوقات مجتبی به مطالعه و فقاهت می‌گذرد.

به ادعای بخش فارسی صدای آمریکا، سعید طوسی معلم قرآن مجتبی خامنه‌ای بوده‌است

سی و سه سال پیش که مجتبی خامنه‌ای به جبهه و گردان حبیب رفت، کسی فکر نمی‌کرد روزی اعضای این گردان حول محور او به یکی از مهم‌ترین حلقه‌های اطلاعاتی-امنیتی قدرت در ایران تبدیل شوند.

داستان گردان حبیب، روایت یگانی است که زمانی در بسیاری از نبردهای حساس جنگ ایران و عراق شرکت داشت اما بعد از جنگ اندک اندک به حلقه‌ای برای گردآمدن شماری از تندروترین و سرکوبگرترین نیروهای اطلاعاتی-امنیتی جمهوری اسلامی حول محور مجتبی، سیاسی‌ترین فرزند آیت‌الله خامنه‌ای تبدیل شد.

روایت تبدیل شدن نیروهایی که در بیابان‌های شلمچه مقابل ارتش صدام می‌جنگیدند به نیروهایی که در خیابان‌های تهران بدون هیچ رحمی با شدت و حدت مردم را سرکوب می‌کردند، یک داستان سی و سه ساله است.