او یکی از نزدیک به ۲۱ نامزد سرشناس سیاسی بود که در آن دوره رد صلاحیت شدند.

حیدر مصلحی در فیلمی که ساعاتی پیش روی شبکه‌های اجتماعی منتشر شده، می‌گوید او در گزارشی به شورای نگهبان وقت که روحانیونی چون محمد یزدی، محمود هاشمی شاهرودی و محمد مومن در آن عضو بودند، هاشمی رفسنجانی را برنده انتخابات پیش‌ رو می‌خواند و با برشمردن "هزینه‌ها و فوائد تایید و رد صلاحیت آقای رفسنجانی استدلال کرده است که رد صلاحیت او به نفع نظام و مصلحت آن است.

آقای مصلحی که وزیر اطلاعات دولت محمود احمدی نژاد و بهره‌مند از حمایت رهبر ایران، علی خامنه‌ای بوده، توضیحی درباره این دلایل نداده است، اما گفته در دوران انتخابات سال ۹۲ جلساتی برای تحلیل وضعیت "کف خیابان" برگزار می‌شده و در یکی از این جلسات او استدلال کرده است "که بر اساس گزارشاتی که ما داریم توی این انتخابات آقای هاشمی رای می‌آورد".

وزیر اطلاعات سابق حکومت ایران در این برنامه توضیح می‌دهد که چگونه هزینه‌ها و فوائد رد یا تایید صلاحیت آقای رفسنجانی را در دو صفحه "براساس حفظ نظام و نه چیز دیگر" نوشته است و در جمع بندی تاکید کرده است که"با توجه به موقعیت نظام و مسائلی که وجود دارد" رد صلاحیت آقای هاشمی رفسنجانی "به مصلحت نظام است."

آقای مصلحی در ادامه ادعا می‌کند که تنها یک عضو حقوقدان شورای نگهبان تلاش کرده که تلویحا سابقه و اهمیت آقای رفسنجانی را به میان بیاورد اما او در پاسخ گفته است که "گنده گنده‌ها فدای این نظام شدند. من نظام را می‌گویم و به شخص کاری ندارم. و بعد هم آقایان تصمیم گرفتند".

اکبر هاشمی رفسنجانی در آن دوره در نهایت از سوی شورای نگهبان به دلیلی که "کهولت سن" عنوان شد رد صلاحیت شد.

اکبر هاشمی رفسنجانی، که در آن زمان کماکان رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام بود، سه سال پس از این ماجرا، در روز چهارشنبه ۱۲ آبان ۱۳۹۵، در دیدار با "جمعی از مورخان، استادان و دانشجویان تاریخگ، گفته بود "وزیر وقت اطلاعات در زمان بررسی صلاحیت‌ها، به شورای نگهبان رفته و گفته بود با این اقبالی که روز‌به‌روز و بلکه ساعت به ساعت به ایشان می‌شود، با رأی بی‌سابقه‌ای می‌آید و همه رشته‌های ۱۰ساله ما را پنبه می‌کند".‌

احتمالا آقای مصلحی از نخستین مقام‌های رسمی جمهوری اسلامی ایران است که اذعان می‌کند تایید یا رد صلاحیت نامزدهای انتخاباتی، بر خلاف ادعای مقام‌های حکومتی و بر خلاف قانون اساسی، نه بر اساس ویژگی‌ها و خصوصیات فردی که بر اساس محاسبه هزینه‌ها و یا فوائد آن برای نظام اسلامی انجام می‌شود.

قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران می‌گوید رئیس جمهوری باید "از میان رجال مذهبی و سیاسی" که ایرانی‌الاصل، تابع ایران، مدیر و مدبر، دارای حسن سابقه و امانت و تقوی، مومن و معتقد به مبانی جمهوری اسلامی ایران و مذهب رسمی کشور" باشند انتخاب شود.

تشخیص مصلحت نظام، طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران بر عهده نهادی با همین نام یعنی "مجمع تشخیص مصلحت نظام" است و جزء وظایف شورای نگهبان نیامده است.

آقای مصلحی در دوران وزارتش نیز بارها از "نقش" اکبر هاشمی رفسنجانی در "فتنه" انتقاد کرده بود و به او هشدار داده بود که "کسی که جزو سران فتنه بوده و انقلاب و نظام به دلیل یک سری ملاحظات او را مانند آن دو تن دیگر چندان محصور نکرده و به او آزادی عمل داده است امروز امر بر او مشتبه نشود که انقلاب یادش رفته این آقا در فتنه چه نقشی ایفا کرده است."

منظور حیدر مصلحی از دو تن دیگر "میرحسین موسوی" و "مهدی کروبی" از رهبران جنبش سبز است که در پی اعتراضات به تقلب در انتخابات سال ۱۳۸۸ در حصر خانگی قرار گرفتند.