با آنکه ستادهای انتخاباتی همتی، رضایی  و رییسی نیز ساعاتی قبل خواهان تمدید زمان رای‌گیری شده بودند اما ستاد انتخابات درحالی با تمدید زمان رای‌گیری تا ساعت «دو صبح شنبه» موافقت کرد که بنابر ماده ۲۰ قانون انتخابات ریاست جمهوری مدت رای‌گیری ده ساعت و به ضرورت قابل تمدید است اما در تبصره همین قانون تاکید شده که رای‌گیری باید در «روز جمعه» برگزار شود.

میزان مشارکت در رای‌گیری در این دوره به دلیل گستردگی بی‌سابقه نیروهای سیاسی و مدنی که خواهان تحریم و عدم شرکت در این رای‌گیری بودند، به یکی از مهم‌ترین مسائل تبدیل شد.

این رای‌گیری در حالی برگزار شد که طیف وسیعی از فعالان سیاسی و مدنی، خانواده‌های دادخواه کشته‌شدگان واعتراضات، خانواده‌های زندانیان سیاسی که اعدام شده یا حین بازداشت کشته‌شده‌اند در پیام‌هایی ویدیویی آن را تحریک کردند و طیف گسترده‌ای از احزاب و گروه‌ها و فعالان مدنی و سیاسی نیز اعلام کردند که در «انتخابات تحقیرآمیز و مهندسی شده» شرکت نمی‌کنند.

با آنکه در طی ساعات برگزاری انتخابات آمارهای مختلفی به عنوان میزان مشارکت در رسانه‌های رسمی جمهوری اسلامی منتشر شد، هیچ یک به تایید ستاد انتخابات نرسید با این حال همگی این آمارها کاهش شدید میزان مشارکت  نسبت رای‌گیری سال۹۶  را تایید می‌کنند.

سخنگوی ستاد انتخابات کشور در ساعات بامدادی شنبه بیست و نهم خرداد ماه گفت: «ما آماری از مشارکت نداریم اما فکر می‌کنم میزان آن از انتخابات مجلس یازدهم بیشتر باشد.»

این مقام وزارت کشور به آمار رای‌گیری مجلس شورای اسلامی در اسفند سال۹۸ اشاره کرد که بنابر اعلام پیشین وزارت کشور میران مشارکت طی آن رای‌گیری در تهران ۲۶ درصد و در کل کشور۴۲ درصد بوده است و یکی از کمترین میزان مشارکت طی برگزاری ادوار مختلف انتخابات مجلس و ریاست جمهوری در طول استقرار جمهوری اسلامی بوده است.

محمدجعفر منتظری، دادستان کل کشور، شامگاه جمعه درجریان بازدید از ستاد انتخابات وزارت کشور، به طور ضمنی به تاثیر کمپین تحریم و در نتیجه برگزاری انتخابات «سرد» اشاره کرد.

دادستان کل کشور گفت: «همین مقدار بس که فکر نمی‌کنم در هیچ کجای دنیا چنین انتخاباتی را داشته باشیم که این‌قدر در مقابلش می‌ایستند و تلاش و هزینه می‌کنند که مردم در آن حضور پیدا نکنند تا با یک حالت سردی برگزار شود.»

روزنامه جوان، وابسته به سپاه پاسداران، نیز در سرمقاله خود نوشت که به دلیل «مشارکت در این انتخابات بالاتر از پیش‌بینی‌ها و البته کمتر از میانگین ادوار قبلی است که ضروری به نظر می‌رسد که دلایل این کاهش مشارکت مورد واکاوی قرار گیرد.»

علی خامنه‌ای  نیز در سخنان خود به آثار تحریم و عدم شرکت در این رای گیری اشاره کرد. خامنه‌ای که در سخنرانی دو روز قبل خود گفته بود «شرکت نکردن مردم در انتخابات به معنای فاصله‌ گرفتن از نظام است»، صبح جمعه در آغاز رای‌گیری، با تاکید براین‌که «یک رای هم مهم است» گفت که «همین یک رای‌هاست که آرای میلیونی» را تشکیل می‌دهد.

از سوی دیگر تا ساعات پایانی رای‌گیری پیامک‌هایی از سوی علی خامنه‌ای به  بسیاری ازمشترکان تلفن همراه ارسال شد که آنها را برای شرکت در رای‌گیری دعوت می‌کرد. گزارش‌های متعددی طی روز جمعه مبنی بر اجباری شدن رای‌دادن در برخی مراکز از جمله پادگان‌ها و برخی  مراکز دیگر نیز منتشر شد.

از سوی دیگر، فشار بر روزنامه‌نگاران و فعالان مدنی و کابران شبکه‌های اجتماعی نیز با روش تماس تلفنی و ارسال پیامک برای شرکت در رای‌گیری یا سکوت در مورد تحریم رای‌گیری درجریان برگزاری رای‌گیری سیزدهمین دوره ریاست جمهوری در ایران افزایش یافت.

درپی همین فشارها، ۴۲ سازمان حقوق بشری و مدنی ایرانی، منطقه‌ای و بین‌المللی خواستار دسترسی آزادانه و امن شهروندان ایران به اینترنت، شبکه‌های اجتماعی و کانال‌های ارتباطی طی انتخابات ریاست جمهوری و پس از آن شدند.

مقام‌های وزارت کشور پیشتر اعلام کرده بودند که نتایج رای‌گیری تا ظهر شنبه اتعلام خواهد شد ولی بامداد شنبه دبیر ستاد انتخابات کشور گفت که رای‌گیری تا ساعت ۲ بامداد طول کشیده و ممکن است یکی دو ساعت دیگر هم ادامه داشته باشد، بنابراین ممکن است نتایج با تاخیر اعلام شود.