حسین دهباشی در توئیتی علت مرگ پسر رهبر پیشین ایران را "مصرف بی‌رویه" عنوان کرده بود.

دفتر‌ آیت‌الله خمینی این ادعا را "اتهامی ناروا" خوانده است.

همزمان پایگاه اطلاع‌رسانی و خبری جماران وابسته به دفتر آیت‌الله خمینی در خبری نوشت که اخیرا مطلبی در شبکه اجتماعی توییتر در رابطه با علت درگذشت احمد خمینی منتشر شد و سپس این مطلب به اکبر هاشمی رفسنجانی نسبت داده شد که "صحیح" نیست.

این موضع‌گیری پس از آن بود که حسین دهباشی گفته‌های خود را به اکبرهاشمی رفسنجانی نسبت داده بود.

جماران در این گزارش به بخشی از خاطرات اکبر هاشمی رفسنجانی در ۲۸ اسفند ۱۳۷۳ اشاره کرده است که در آن نوشته شده "درباره شایعات مربوط به مرگ حاج احمدآقا صحبت بود، خیلی شایعات نادرست به خاطر مرگ نابهنگام وجود دارد و به نظر می‌رسد ضدانقلاب در پشت شایعات نادرست باشد و رادیو اسراییل هم شیطنت می‌نماید".

احمد خمینی در ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ در ۴۹ سالگی در تهران درگذشت.

در خبرهای رسمی علت مرگ احمد خمینی عارضه قلبی و تنفسی ناگهانی در حالت خواب عنوان شد که به ایست کامل قلب و تنفس و سپس بروز سکته مغزی انجامید.

پس از مرگ احمد خمینی گمانه زنی هایی درباره علت مرگ و حتی قتل او مطرح شد.

این گمانه‌زنی‌ها پس از بازداشت سعید امامی از مسئولان رده بالای اطلاعات نیز شدت گرفت.

در آن زمان، مشخص شد که محمد نیازی، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح، که مسئولیت رسیدگی به پرونده قتل‌های سیاسی زنجیر‌ه‌ای روشنفکران را به عهده داشت، به دیدن حسن خمینی نوه بنیانگذار جمهوری اسلامی رفته و به او گفته که سعید امامی در اعترافات خود، مسئولیت قتل احمد خمینی را به عهده گرفته است.

بعدها، در جریان دادگاه عمادالدین باقی، روزنامه‌نگار و نویسنده اصلاح طلبی که به این اعترافات در نوشته‌های خود اشاره کرده بود، حسن خمینی شهادت مکتوب داد که خبر نقل شده از طرف آقای باقی در مورد اظهارات محمد نیازی صحت دارد.

حسن خمینی فرزند احمد خمینی اما درباره محتوای گفته‌های آقای نیازی اظهار نظری نکرده بود.

با این حال در صحت این اقرار به خاطر فشار برای "اعتراف‌گیری" از سعید امامی و به ویژه مرگ او شش ماه پس از بازداشت مورد تردید جدی قرار داشت.