همچنین قرار گرفتن نام او در لیست انتخاباتی مورد حمایت اصلاح طلبان در انتخابات پنجمین دوره مجلس خبرگان، جنجال های زیادی را به دنبال داشت. 

اعدام های ۶۷ 

حسین موسوی‌تبریزی، دادستان انقلاب در آغاز دهه شصت، در آبان سال ۱۳۹۸ گفته بود که اعدام‌ دسته‌جمعی هزاران زندانی سیاسی در سال ۱۳۶۷ با نامه محمد محمدی‌ ری‌شهری، وزیر وقت اطلاعات به آیت‌الله روح‌الله خمینی شروع شد. هزاران زندانی سیاسی در ایران طی مرداد و شهریور ۱۳۶۷ با دستور آیت‌الله خمینی اعدام و برخی در گورهای دسته‌جمعی دفن شدند. 

این روحانی اصلاح طلب در پاسخ به سوال خبرنگار اعتماد که "چرا مساله یا معمای ۶۷ حل نمی‌­شود؟" گفت: "این سوال را باید از آقای ری‌شهری بپرسید که آن زمان وزیر اطلاعات بود و شروع آن ماجرا از وزارت اطلاعات بود. در واقع پس از حمله مرصاد که بعد از قطعنامه رخ داد، آقای ری­‌شهری به امام نامه نوشته و توضیح داده بود که مجاهدین با صدام کنار آمده‌اند و می‌خواهند شهرها را تصرف کنند." 

مقام‌های حکومت ایران عملیات "فروغ جاویدان" سازمان مجاهدین خلق را، که در ماه‌های پایانی جنگ و تحت حمایت حکومت وقت عراق انجام شده بود، دلیل اعدام‌ها خوانده‌اند و می‌گویند اعدام‌شدگان برای انجام توطئه‌هایی با بیرون زندان هماهنگ بودند. 

اعدام‌شدگان که عمدتا از اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق و همچنین گروه‌های چپ بودند، دوران محکومیتشان را می‌گذراندند و بعضی هم با پایان دوره محکومیت در انتظار آزادی بودند. 

بر اساس روایت بازماندگان، آنها در جلسه‌هایی سریع و بدون تشریفات قضایی معمول و برخی بدون آنکه بدانند چه سرنوشتی در انتظارشان است به اعدام محکوم و مخفیانه اعدام شدند و جنازه‌هایشان به خانواده‌هایشان تحویل داده نشد. گورستان خاوران در تهران یکی از گورهای جمعی این اعدام‌شدگان است. 

حسین موسوی تبریزی به اعتماد گفته: "هر کسی ادعای توبه می‌کرد و راضی به مصاحبه می‌شد، یا آزاد می‌‌شد یا در زندان باقی می‌­ماند و هر کسی توبه نمی‌کرد یا حاضر نبود توبه­‌اش را در مصاحبه اعلام کند، اعدام می‌‌شد." 

آیت‌الله منتظری که زمانی قائم مقام رهبری جمهوری اسلامی بود، در جلسه‌ای با مقام‌های مسئول آن اعدام‌ها را "بزرگترین جنایت تاریخ" حکومت ایران توصیف کرد. 

مصطفی پورمحمدی، ابراهیم رئیسی، مرتضی اشراقی و حسینعلی نیری از مقام‌هایی بودند که درباره اعدام زندانیان تصمیم گرفتند.