محمود احمدی نژاد تبصره ای به اساسنامه دانشگاه آزاد اضافه کرد مبنی بر اینکه :رئیس هیئت امنا موظف است پس از تصویب انتخاب رئیس دانشگاه آزاد اسلامی در شورای عالی انقلاب فرهنگی، حداکثر ظرف مدت یک ماه از تاریخ تصویب، حکم وی را صادر نماید و در صورتی که در مدت مقرر حکم رئیس دانشگاه از سوی رئیس هیئت امنا صادر نشود حکم مزبور توسط رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی(رئیس جمهور) و یا با حق تفویض به وزیر علوم، تحقیقات و فناوری ابلاغ و صادر می‌شود. و بنابراین مصوبه هاشمی رفسنجانی رئیس هیئت امنای دانشگاه آزاد تا تاریخ 27 بهمن ماه فرصت داشت تا حکم رئیس جدید دانشگاه آزاد را ابلاغ و امضا کند که این امرمحقق نشد و امروز 9 اسفند خبرگزاری ها از انتصاب فرهاد دانشجو به ریاست دانشگاه آزاد خبردادند و وزير علوم و فناوری، به نيابت از محمود احمدی نژاد به عنوان رئيس شورای عالی انقلاب فرهنگی، حکم رياست فرهاد دانشجو بر دانشگاه آزاد اسلامی را صادر و ابلاغ کرده است. اين در حالی است که هيئت امنای دانشگاه آزاد حاضر به تأييد رياست جديد نشده است.

فرهاد دانشجو در گفت‌و‌گو با خبرنگار خبرگزاری فارس با اعلام این خبر گفت: در اولین روز کاری خود 3 معاون دانشگاه آزاد را برکنار کردند.

وی افزود: آقای بلندی به عنوان معاون آموزشی دانشگاه آزاد، آقای خجسته معاون اداری و مالی و علی افشار به عنوان معاون پژوهشی این دانشگاه معرفی شدند که تا دقایقی دیگر حکم آنان را صادر خواهم کرد.

وی در پاسخ به این سؤال که سایر معاونان ومدیران این دانشگاه تغییر نخواهند کرد گفت: 3 ماه به خودم و سایر معاونان دانشگاه آزاد فرصت خواهم داد تا با یکدیگر تعامل پیدا کنیم.

وی در خصوص تغییر و تحولات در مدیران رسانه‌ای این دانشگاه گفت: با چند نفر در خصوص قبول مسئولیت رسانه‌ای دانشگاه آزاد صحبت کردم که طی روزهای آینده اعلام خواهد شد.

دانشجو در پاسخ به این سؤال که آیا جاسبی رئیس سابق این دانشگاه مسئولیت اجرایی در دانشگاه آزاد خواهد داشت گفت: آقای جاسبی با تجربه‌ای که دارند اعلام کردند که دیگر مدیریت اجرایی در این دانشگاه نخواهند داشتند اما بنده از ایشان به عنوان مشاور عالی دانشگاه آزاد استفاده خواهم کرد.