حسین رونقی ملکی درتاریخ ۲۲ آذر ماه ۱۳۸۸ همراه برادرش حسن رونقی ملکی در منزل پدریاش در شهر ملکان در آذربایجان شرقی بازداشت شد. بازداشت برادر وی به خاطر اعمال فشار بر روی وی برای اخذ اعتراف و قبول اتهامات صورت گرفت. رونقی و برادرش در زندان شدیداً تحت فشارهای جسمی و روحی قرار گرفتند، تا جایی که بنا بر گفتهی خانوادهاش حسن رونقی ملکی در اثر شکنجهها از ناحیه مهرههای پشت گردن آسیب دید. برادر وی یک ماه بعد با قرار وثیقهای ۸۰ میلیون تومانی از زندان آزاد شد.